どういうこと？
これを
こうします。
手順
任意のメッシュでえぐりたいオブジェクト（今回はCube）と、えぐるメッシュ（Sphere）は別オブジェクトとして配置しておきます。
Cubeに、「ブーリアン」モディファイアーを追加します。
追加したら、モディファイアーの設定項目にある「オブジェクト：」にて、「Sphere」を選択します。
また、「演算：」には「差分」を指定します。
これで、エグりとる事ができました。
Sphereがある状態だと、結果がわかりにくいので、非表示にしてみます。
見事に重なっている部分を取り除くことができました。
以上です
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